斯坦福学术写作学习笔记

刘旭 2020-02-14

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Writing in the Sciences
Week 1.1
{1} 好的写作能够清晰高效的表达自己的idea
{2} 好的作者:
1. 有东西说
2. 有逻辑性的思考
3. 有着简单，且易于学习的风格

{3} 如何成为一名好作者:
1. 读，注意，模仿
2. 写日记
3. 放开学术写作习惯
4. 写之前先和其他人讨论
5. 吸引读者，不要让他们觉得无聊
6. 不要等灵感出现
7. 写作对任何人都很困难
8. 没人能第一次就很棒
9. 学习如何减少自己的词
10. 使用一个好的编辑器
11. 敢于尝试，承担风险（就是要多写）

Week 1.2:
{1} 问问自己:
1. 这个句子好不好理解?
2. 有没有趣?
3. 可不可读?
4. 是为了表达清晰而写的，还是为了让他人迷惑?

{2} 学术写作的典型标志:
1. 笨拙的动词变成笨拙的名词
2. 复杂的想法不需要复杂的表达
3. 学术写作应该读起来轻松愉快

Week 1.3: 高效写作的原则
{1} 被动语态很难读
{2} 主语和动词间的距离
1. 去掉不必要的单词和短语
2. 主动语态
3. 使用强有力的动词，不要变为名词使用

Week 1.4: 删掉废话
{1} 删掉不必要的词
1. 不重要的词和短语, like: as it is well known
2. 无用的词或短语, like: basic tenets of（基本的原则）
3. 可以变短的长词
4. 不必要的行话和首字母缩写词
5. 重复的词或短语
6. 副词

Week 1.6: more tricks
{1} 不用否定句式
{2} 不要过多的使用there be
{3} 省略不必要的介词

Week 1.7: some examples

Week 2.1: 使用主动语态
{1} 主动语态: ‘subject verb object’ or just ‘subject verb’, like: ‘I eat lunch’
{2} 被动语态: ‘object verb subject’ or ‘object verb’, like: ‘Apples are eaten by me
{3} to turn passive to active, ask: who does what to whom

Week 2.2:
{1} is it OK to use ‘we’ or ‘I’? Yes, it is OK
1. 生动易读
2. 身为作者要担负每一句话的责任

{2} when is it OK to use passive voice? methods section
1. 做了什么比是谁做的更加重要
2. 读者倾向于浏览方法部分中的关键字，而不是通篇全读。
3. 花很多精力去避免在每个句子中使用‘we, I' 不值当

Week 2.3: some practice

Week 2.4: write with verbs
{1} 使用强有力的动词
{2} 不要将动词变名词
{3} 不要隐藏了主要动词

Week 2.5: some examples about 2.4

Week 2.6: a few grammar tips
{1} ‘Data are’, not ‘Data is’, word ‘data’ is plural（复性的）
{2} “affect”是动词“影响”，“effect”是这种影响的名词形式
{3} ‘compare’
1. ‘compare to’: point out similarities between different things
2. ‘compare with’: point out difference between similar things
{4} ‘that’ vs ‘which’
1. that: 定义事物，限制性代词
2. which: 非限制性代词
3. Ask: 使用这个名词到底有没有必要?
{5} 主语为单数时
1. don’ t use ‘they’ or ‘their’

Week 3.1: 标点符号的使用【: / . : , ; ()】
{1} 用来多样化句子结构
{2} 分开阐述或补充说明的效果依次递增
1. Comma逗号[,]
2. colon冒号[:]
3. dash破折号[-]
4. parentheses括号[()]
5. semicolon分号[;]
6. period句号[.]
{3} 正式性递增
1. Dash[-]
2. parentheses[()]
3. others

{4} the rules of three’ s: lists, examples一般给出3个

Week 3.2: practice about 3.1

Week 3.3: 排比
{1} and, or, but 应写成排比形式

Week 3.4: 段落
{1} one paragraph = one idea
{2} 尽早给出关键句
{3} 段落间关系
1. idea的出现顺序要有逻辑
2. 句子的结构要排比化
3. 使用过渡词 (and, or, but)
4. 按照时间顺序
5. 由general到specific
6. 使用逻辑语句 (if a then b)
7. no necessary to use ‘first, then, last’
{4} 段落的最后一句要让人印象深刻

Week 3.5: practice about 3.4
{1} verb-tally
{2} wordiness-tally
{3} 注意重复
{4} 避免指针对一个内容进行评论

Week 3.6: 避免重复的建议
{1} 第二次出现这个词真的有必要吗?
{2} 真的需要的话，使用一个同义词会不会更好?
{3} 当然，适当重复也是可以的
{4} tips: 不必要的同义词
{5} 首字母缩写更好，Acronyms/Initialisms are better than repetition, like: CNNs instead
1. 使用标准缩写，不要自己想当然

Week 4.1: more paragraph practice

Week 4.2: 写作过程步骤概述
{1} 开始前的准备
1. collect, synthesize, and organize information
2. brainstorm take-home messages
3. work out ideas away from the computer
4. develop a road map/outline
{2} 写草稿
1. putting your facts and ideas together in organized prase
{3} 修改完善
1. read your work out loud
2. get rid of clutter
3. do a verb check
4. get feedback from others
{4} how much time to spend?
1. prewriting: 70%
2. writing: 10%, the first draft
3. revision: 20%

Week 4.3: the prewriting step
{1} 先把所有内容组织起来
1. 不要想着边写边收集信息
2. 写草稿之前就要把信息收集好，组织好
{2} 理清思路
1. create a organizational system
{3} develop a road-map
1. arrange key facts and citations from the literature into a crude road map/outline BEFORE writing the first draft
2. thinks in paragraph and sections
{4} 远离电脑，头脑风暴
1. when exercising, driving, waiting
2. work out take-home message
3. organize your paper
4. write memorable lines

Week 4.4: writing steps
{1} 别当完美主义者
{2} 第一份草稿的目的就是把idea按照顺序写进完整的句子里
{3} 更多的关注在逻辑组织上，而不是具体表达的细节
{4} 写草稿是最难的，要快速高效的写出

Week 4.5: 修改
{1} read it out loud
{2} 检查动词
{3} cut
1. 让表达变得简洁顺畅，意思清晰明了
{4} review organizationally
1. 重新考虑段落之间的逻辑性
{5} 从其他人那获得建议
1. 读完之后能不能get到要表达的点
2. 有哪些特别难懂的表达
{6} 使用编辑器获得改进

Week 4.6: checklist for the final draft
{1} 一致性：结果与方法两部分的一致性
{2} 数字上的一致性
1. abstract---table/figure/text, text---table/figure, table/figure---other tables/figure
{3} reference
1. 没有使用的引用
2. reference don’ t provide the indicated information
* 2.1 作者曲解或夸大了原始论文的发现
* 2.2 引用了不是原始论文
* 2.3 引用的标号出错
* always go back to primary source

Week 4.7: upcoming writing and editing assignment
{1} summarize a ‘hot paper’
{2} write a book review
{3} write a profile

Week 5.1: 初稿的编写顺序
{1} tables and figures
{2} results
{3} methods
{4} introduction
{5} discussion
{6} abstract

5.1.1 图表 (写好自己故事的基础)
1. 表格应该自成一体，不读主体文章也能完整讲解故事
2. 尽可能地少用
3. 在表和图中不要出现相同的数据
表:
1. 给的数值要精确
2. 能够展示多种数据
表的标题:
1. 表明该表的主题
2. 标题，表头，文章内容中要使用相同的关键词
3. 保持简洁性
表的脚注:
1. 使用上标符号标识脚注. Some standard series: etc
2. 用脚注解释差异
3. 解释实验细节或缩写
表的格式:
1. 使用已发表论文中使用的表的格式，不要自己发明创造
2. 一般使用三条横线:
1. 一条在表头之上
2. 一条在表头之下
3. 一条在数据之下
3. 使用罗马或阿拉伯数字
4. 居中或偏左放置表格编号，标题，列，标题和数据
5. 大写字母和斜体
6. 脚注的位置
7. 脚注的类型
8. 去掉网格线
9. 一切都排列整齐，看起来更专业
10. 图表的标号要合理
11. 去掉不必要的列
图:
1. 视觉上的影响
2. 展现趋势与模式
3. 讲述一个迅速，完整的故事
4. 强调重要的 结果
图的类型:
1. 作为主要证据
1. electron micrograph, gels, photograph, pathology slides, X-rays, etc
2. 表明数据质量
3. 看起来很可信
2. 图
1. line graph, bar graph, scatter plots, histograms, boxplots, etc
3. 图纸和图表
1. 说明实验设置
2. indicate flow of participants
3. 说明因果循环
4. 给出一个假设模型
figure legends:
1. allow the figures to stand-alone
2. may contain:
1. 简短标题
2. 必要的实验细节
3. 符号，线条图案的定义
4. panels understanding
5. data information
图:
1. 折线图：显示趋势
2. 散点图：显示关系
3. 柱状图：比较
4. 单值条形图
5. 直方图
6. box plots
7. survival curves

tips for graph:
1. Tell a quick, visual story
2. 保持简洁性
3. 要易于区分
4. 如果太复杂了，就应该以表格形式呈现

5.1.2 结果 != 原始数据
1. the result section should
* 总结数据说明了什么
* point out relationship
* 描述整体趋势
* 引用提供支持数据的图或表
* 避免简单地重复表格和数字中已有的数字

tips
1. 分成小节，配上标题
2. 补充表和图中的信息
3. 给出不在表中的精确值
4. 报告百分比变化
5. 仅重复/突出显示最重要的数字
6. 不要忘记谈论不好的和定性分析结果
7. reserve the term ‘significant’
8. reserve information about what you did for the methods section：不要在“结果”部分中讨论统计分析的理由
9. 在讨论部分保留有关结果含义的评论

使用哪种时态?
1. 完成部分使用过去时
2. 使用现在时来说明仍然是正确的断言，例如表显示的内容，自己确信的内容以及数据表明的内容
3. 主动语态

5.1.3 methods and materials
1. 清晰的概述已经做了什么
2. 提供足够的信息来重述故事
3. 既要完整，又要易于阅读
1. 分成小节，配上子标题
2. 常用方法加上引用
3. display in a flow diagram or table where possible
4. 在方法部分可以更自由地使用行话和被动语态
who, what, when, where, how, whymaterials and methods

1. materials
2. participants/subjects
3. 实验方案/研究设计
4. 评估：如何评估因变量和自变量
5. analyse
6. 过去时报告方法，但以现在时描述数据如何在论文上显示

5.1.4 introduction
1. easier to write
2. 遵循标准的格式
3. 一般3段, 2-5段就足够
4. 并非要详尽概述一般主题，而是专注于研究

3 paragraphs:
1. What’ s known
2. What’ s unknown
1. 您最迫切的问题
2. 实验的方法
3. 为什么你的方法标新立异而又重要

tip:
1. 每一段尽可能的短
2. 为一般读者撰写：清晰，简洁，非技术性
3. 引导读者逐步了解已知事物和未知事物，并提出特定问题
4. 强调自己的研究如何填补空白
5. 明确说明您的研究问题的目的/假设
6. 不要在这里回答研究问题
7. 高语义级别地进行总结，将详细的描述，推测和对特定研究的批评留给讨论这一节

5.1.5 discussion
1. 写起来最自由
2. 是展示文笔的最佳机会
3. 写起来最具挑战

Invert the cone!!!
1. 主要的发现 (answering the question asked in the Intro)
2. 次要的发现
3. context
4. 强项和限制
5. 接下来打算做什么
6. the ‘so what?’: 暗示，推测和推荐
7. 强有力的结论

tip:
1. 展示出色的写作
1. 主动语态
2. 像讲故事一样下笔
2. 开头与结尾要紧扣主要发现: ‘We found that …’
3. 不要太过偏离数据
1. 关注在你的数据证明了什么，而不是你希望证明什么
4. 专注于重要的限制，而不是通用的
5. make sure you’ re clear and consistent about your take-home message

时态
1. past: 当提及研究细节，结果，分析和背景研究时
2. present: 数据表明了什么的时候

5.1.6 abstract
1. 主要故事概述
2. 给出论文每个部分的重点
3. limited length (100-300 words)
4. stand on its own
5. 用于电子搜索引擎（带标题）
6. most often, the only part people read

内容:
1. background
2. 问题/目的/假设: ‘We asked whether…’
3. experiments: quick summary of key material and methods
4. result
1. key results found
2. minimal raw data
5. conclusion: the answer to the question asked/take-home message
6. 暗示，推测或推荐

Week 6.1: 原始研究的替代方案：评审{1} 评审文章的目的
1. 综合和评估有关该主题的最新主要文献
2. 总结关于一个主题的当前知识状态
3. 解决争议
4. 提供完整的引文清单

{2} 类型
1. 非系统性的：称为“叙述性评论”，可能不全面，可能对研究进行定性而定量的评估
2. 系统评价
1. 尝试查找和总结所有相关研究，甚至包括未发表的作品
2. 遵循严格的搜索策略，使用预定义的排除条件和纳入条件
3. 使用严格的预定义标准评估每个研究的质量
3. meta-analysis: 系统评价，另外还使用统计技术来收集独立研究的数据

Review article structure:
1. abstract
2. introduction
1. what’ s known
2. What’ s unknown
3. Clear statement of the aim
3. Main analysis
1. explain the search strategy
2. 根据方法对文献进行总结
3. 分析，解释，批判和综合研究
4. conclusion and future directions
1. what recommendation to make
2. what gaps remain, what future studies would help
5. literature cited

tips:
1. 在此过程的早期与期刊编辑联系，以了解该期刊是否对您的评论感兴趣
2. 定义明确审查目的
3. 制定搜索文献的策略
4. carefully read and organize the relevant paper
5. write for a wide audience

给编辑者的信
1. 评论/回应该杂志最近发表的一篇特定文章
2. must be timely, concise
1. generally 200-400 words, 1 table or figure, maximum of 5-10 reference
2.
structure:
1. overview (1 paragraph)
1. cite the recent article
2. 赞扬作者的贡献
3. 简要陈述主要问题
2. explanation of the issue
3. brief conclusion/parting thought

tips:
1. follow the journal’ s instruction for letters to editor
2. 保持语调积极和礼貌
3. 明确而专注，消除所有不必要的废话
4. 清楚地阐明所发现的问题如何影响原始论文的主要结论

case reports: structure
1. abstract
2. introduction: what is the significance of the case
3. case description
4. discussion
1. interpretations
2. what does the case suggest
3. question for future research
5. reference
6. tables/figures

Week 6.2: authorship/acknowledgement/reference{1} authorship
1. who gets it
2. 论文标题页上列出的任何作者均应对其内容承担公共责任
3. in what order
4. 顺序表示作者的相对贡献
5. 团队负责人/资深作者经常出现在最后一位
6. papers may have dual first authors
7. 公平起见，当贡献相同是使用字母顺序
8. large working groups may be cited as a group

{2} acknowledgement
1. funding source
2. contribution who did not get authorship (e.g., offered material, advice, or consultation that was not significant enough to merit authorship)

{3} reference
1. use a computerized bibliographic program
2. follow journal guidelines (要求字母顺序，或者论文中的出现顺序)
3. some journal limit number of reference allowed (30), 提前确定好
4. follow journal formatting rules

Week 6.3: the submission process
{1} identify a journal for submission (ideally before writing)
{2} follow the online ‘instruction to authors’ for writing and formatting the manuscript
{3} 在线提交您的手稿，所有作者（包括通讯作者）必须填写并签署版权转让和利益冲突表格
{4} possible outcomes:
1. accepted
2. accepted pending minor revision
3. rejected but re-submission possible
4. no resubmission possible

{5} 修订和重新提交：重新提交，rebutal，逐条解决审稿人的批评
{6} once accepted, carefully review final proofsResubmission cover: letter/response to reviewers示例：
Dear Dr.Editor:
We appreciate your helpful comments and those of the reviewers. We feel that the manuscripts is now greatly improved.We have made revisions based on the comments/suggestions of Reviewer 1 and 2. The comments of each reviewer are numbered below, with our response following.
Review 1:
1. There is little discussion of xxx.
We agree with reviewers 1 and 2 that the section on xxx was too abbreviated. Therefore, we have added a paragraph that highlights xxx. (paragraph 33)
2. Could you comment on xx?
We have added a sentence to paragraph 9 in Methods/Materials that comments on xx…
Also include a copy of the paper with changes tracked.

Week 6.4: interview
{1} easy to read
{2} tell review early what this paper is about
{3} surprise is surprise!

最大的错误是?
1. 没有把论文投递到最合适的期刊
2. 包括大量引用
3. 对论文的目标和方法含糊不清

Tips:
1. Use good graphics
2. A appropriate and attractive format
3. Space out equations, graphics, …
4. 用要点组织信息
5. Use introduction to build momentum and engage reader
6. 避免使用“笨拙”的语言来分散读者注意力或减慢其阅读速度
7. 笨下来

Advice for first-time author?
* Note in your submission that you are new

Week 6.5/6/7: some interview

Week 7.1: plagiarism (窃取)
1. Pass off other’s writing (or tables/figures) as your own
1. 修改后从其他地方拿来句子或词组
2. 重写或重组他人词语
3. ‘borrowing’ material from site like wiki
2. 当描述他人工作时
1. 完全理解后，使用自己的语言描述
2. work from memory
3. 得出自己的结论
4. 不要模仿原始的句子结构或只是重新排列作者的单词

自我窃取和重复：
1. recycling own writing or data：从自己之前发表过的文章抄袭
2. 添加新数据后说是新的
3. identically overlap data to multiple journal

Week 7.2:
1. ghostwriting: 代笔：草拟手稿但未列为作者的应聘作家
2. guest authorship: 客座作者身份：学术研究人员，他们很少参与论文，但是“借用”作者的名字以增强论文的可信度

Week 7.3: conflicts of interest/Disclosure (利益冲突)
1. 任何可能影响作者，评论或编辑的判断的财务或个人关系
2. 应该披露
3. may affect an editor’s decision
4. 在发表后的文章中经常打印出来

Week 7.4: 可再现的研究和不断变化的出版格局In a ‘reproducible’ paper:
1. data are available
2. code that was used to analyze the data is available
3. 独立的研究人员可以对数据运行代码，并生成与原始论文相匹配的图形和表格。

Reproducibility Editors: run code and see resultsR for Reproducible, C for code available, D for data available

Week 8.1: 怎样做同行评审
1. 可以看到发表论文的“后端”
2. 意识到许多论文草稿都必须经过审核和编辑后才令人印象深刻
3. 在认真阅读论文时获得有价值的实践
4. 有机会查看其他人的评论

The TONE (评议时的语调)
1. 批评应对作品不对作者
2. 避免泛化；指出具体错误
3. Use positive language
4. 避免向作者“讲课”, 不要说教

Type of peer-review
1. Single blind
2. Double blind
3. Open
4. Post-publication peer review，发布后同行评审

Process: (one system)
1. Scan the abstract
2. Jump to the data, review table and figure first
1. 得出自己的结论
2. do those stand on their own?
3. Are there any data mistake?
4. 是否信息冗余?
3. Read paper once through
1. Does conclusion match data?
2. 读起来让不让我困惑?
3. Is paper length justified after giving new comment
4. Read the introduction carefully
1. 是否足够简洁?
2. Is the order: unknown---known---research?
3. Is aim clear?
4. 细节信息，做了什么
5. 结果中发现了什么
6. 有没有干扰信息（来自之前的研究）
7. 是否指定了本文要填补的空白?
5. Methods
1. scan to find answers to your question about data
2. 研究设计中是否有缺陷
6. results
7. look at every table and figure
8. discussion
1. 第一段写发现了什么新东西
2. 结论对不对，有没有过誉
3. 写的清晰，直指point，有无废话
4. 能不能再缩短
5. 有没有定位limitation
6. Reference对不对
7. 有没有忽略key reference

Comment to authors:
1. Start with 1 paragraph overview
1. 说一下你认为的主要发现
2. 写2，3句积极鼓励的话
3. 1，2个主要limitations
4. 不要说你的overall advice
2. In a numbered list, give 5-15 advice
1. 指出specific mistake
2. 列出你发现的问题
3. Give specific advice for revision

Week 8.2: communicating with journalists and the lay public
1. Big picture ties
2. How your research affect people (reader)
3. What’s new about your work
4. Colorful prose
5. Interesting story
6. Surprise
7. People-focused story
8. 历史事实/思想发展
9. 关于这项工作的意义的广泛评论

Week 8.3/4/5: interview example

Week 8.6: 结束语
Take-home message
1. 有效的学术写作清晰、简洁地传达了一个想法
2. 学术写作应该容易阅读甚至让人愉快
3. 清晰的文字可以提高透明度，并加快科学进步