周sir生物信息分析服务

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计算资源

• 处理器: 128 core;
• 内存: 128G;
• 存储: 50Tb;
• 按需租用计算资源: 深圳超算中心.

产品列表

• small RNAseq基础分析服务
• RNAseq基础分析服务
• DNAseq基础分析服务
• ChIPseq基础分析服务
• WBSseq基础分析服务
• 两组样品表达分析服务（RNAseq, microarray, small RNAseq）
• RNAseq和miRNA结合分析
• 结合RNAseq数据分析ChIPseq数据
• 多样品RNAseq/microarray表达数据分析
• 个性化分析服务----请直接联系小周(微信：156206968)

服务列表

基础分析

• 测序数据质量控制 (A001)
  输入数据：各种测序平台下机raw fastq数据
  输出结果：数据质量评估报告，过滤后的clean fastq文件
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• 短序列比对分析 (A002)
  输入数据：经过滤后的clean fastq文件
  输出结果：比对结果及比对统计（不同数据，比对统计有所差异）
  分析报告：查看样例

• 蛋白序列／核酸序列注释 (A003)
  输入数据：蛋白序列／核酸序列（fasta格式）
  输出结果：blast比对到swiss-prot数据库，以及kegg, interpro, Gene Ontology注释信息
  分析报告：查看样例

• 基因表达量计算(A004)
  输入数据：转录本序列集合(gtf格式)，转录组数据比对结果（bam格式），参考基因组（fasta格式）
  输出结果：转录本表达量列表，转录本表达量分布图
  分析报告：查看样例

• 基因组区段信号计算（两个或以上样品比较）(A005)
  输入数据：基因组区段文件（bed格式)，短序列比对结果（bam格式），参考基因组（fasta格式）
  输出结果：基因组区段信号（RPKM），boxplot比较两组样品或者数据的信号强弱
  分析报告：查看样例

• 组学数据收集(A006)
  输入数据：所需数据列表
  输出结果：下载数据tar.gz，百度云下载链接
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• Peak calling and annotation

个性化分析

• 差异基因表达分析(G001)
  输入数据：转录本序列集合(gtf格式)，转录组数据比对结果（bam格式），转录本表达量列表
  输出结果：差异表达基因列表，两样品表达差异log2(Fold change)
  分析报告：查看样例

• 基因功能富集分析(G002)
  输入数据：选定基因列表，背景基因列表
  输出结果：GO ontology功能富集，KEGG pathway功能富集分析，相关Excel表格
  分析报告：查看样例

• GSEA基因功能富集分析(G003)
  输入数据：选定基因列表，背景基因注释列表
  输出结果：GO ontology功能富集，KEGG pathway功能富集分析，选定功能富集分析，富集分析网页报告
  分析报告：查看样例

• 多样品主成份分析（PCA）(G004)
  输入数据：多样品基因表达数据
  输出结果：多样品关联聚类图及PCA分析点图
  分析报告：查看样例

• 基因表达聚类分析 (G005)
  输入数据：3个或以上相关联样品基因表达量列表
  输出结果：heatmap图像和聚类结果
  分析报告：查看样例

• 基因共表达网络分析 (G006)
  输入数据：3个或以上相关联样品基因表达量列表
  输出结果：基因共表达网络，功能类（具有相同功能基因）
  分析报告：查看样例

• 基因时序表达分析（STEM）(G007)
  输入数据：多样品基因表达数据
  输出结果：相关图表
  分析报告：查看样例

• Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)加权基因网络表达分析 (G008)
  输入数据：多样品基因表达数据
  输出结果：多样品聚类热图及基因互作网络
  分析报告：查看样例

• long noncoding RNA analysis

• circRNA analysis

服务流程

请直接联系小周：
微信：156206968
QQ：156206968
邮箱：zhoujj2013@gmail.com

已发表文章

1. Jiang L, Liu W, Zhu A, et al. Transcriptome analysis demonstrate widespread differential expression of long noncoding RNAs involve in Larimichthys crocea immune response[J]. Fish & shellfish immunology, 2016, 51: 1-8.
2. Wu C, Zhang D, Kan M, et al. The draft genome of the large yellow croaker reveals well-developed innate immunity[J]. Nature communications, 2014, 5.
3. Zhou, Xuming, Fengming Sun, Shixia Xu, Guangyi Fan, Kangli Zhu,..., Jiajian Zhou, Yuan Chen et al. Baiji genomes reveal low genetic variability and new insights into secondary aquatic adaptations. Nature communications. Epub 2013 October 29.
4. Sanne Nygarrd, Guojie Zhang,...,Cai Li, Haofu Hu, Jiajian Zhou, Lu Ji, Feng Qiu, Hailin Pan,Jun Wang,et al. The genome of the leaf-cutting ant Acromyrmex echinatior suggests key adaptations to advanced social life and fungus farming. Genome Research. Epub 2011 June 30.