A002短序列比对分析

service

短序列比对统计

以参考序列（ref）作为序列库，将每个样品的clean reads对ref做比对。该过程我们采用了RSEM软件，tophat2软件（RNA-seq）或者BWA, STAR软件（DNA-seq）（Li et al., 2011），RSEM, Tophat2中使用到的bowtie2参数mismatch 2,（bowtie默认参数）。比对统计结果见下表：

sample id: 样品名。
clean reads: 输入比对软件的原始序列数据,以四行为一个单位,统计每个文件的测序序列的个数（默认是过滤后数据）。
mapped reads: 比对到参考序列的测序序列个数。
mapping rate(%): 比对到参考序列的测序序列占总序列的比例。

短序列比对到基因组分布

Promoter: defined from -1kb to +100bp)
TTS: defined from -100 bp to +1kb)
Exon: CDS Exons
5UTR: 5' UTR Exons
3UTR: 3' UTR Exons

注意：此分析只适合于特定的物种：Homo sapiens (human)， Mus musculus (mouse)， Ciona intestinalis (ciona)， Neurospora crassa (ascomycetes)， Arabidopsis thaliana (arabidopsis)， Drosophila melanogaster (fly)， Xenopus laevis (laevis)， Strongylocentrotus purpuratus (urchin)， Xenopus tropicalis (frog)， Phaeodactylum tricornutum (diatom)， Nematostella vectensis (anemone)， Gallus gallus (chicken)， Rattus norvegicus (rat)， Dictyostelium discoideum (dicty)， Thalassiosira pseudonana (pseudonana)， Petromyzon marinus (lamprey)， Apis mellifera (bee)， Taeniopygia guttata (zebrafinch)， Selaginella moellendorffii (selaginella)， Aplysia californica (seahare)， Agaricus bisporus (mushroom)， Takifugu rubripes (fugu)， Saccharomyces cerevisiae (yeast)， Saccharomyces cerevisiae (yeast)， Chlamydomonas reinhardtii (chlamy)， Physcomitrella patens (patens)， Solanum lycopersicum (tomato)， Schizosaccharomyces pombe (pombe)，Zea mays (corn)， Danio rerio (zebrafish)， Bos taurus (cow)， Volvox carteri (volvox)， Anopheles gambiae (mosquito)， Sus scrofa (pig)， Tetrahymena thermophila (ciliate)， Macaca mulatta (rhesus)， Oryza sativa (rice)， Canis lupus familiaris (dog)， Caenorhabditis elegans (worm)， Hydra vulgaris (hydra)

分析方法

分析方法包括3部分：方法描述（中文版），方法描述（英文版）和引用文献。这部分会正式数据分析报告提供。