G001 差异基因表达分析

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表达数据标准化及差异表达基因检测

对于原始的芯片数据，取 log2(expr_value) 进行数据标准化。对于差异基因表达分析，先用limma R 语言分析包进行样品间数据标准化，用超几何检验差异表达基因的显著性，用Benjamini & Hochberg (False discovery rate)对检验的pvalue进行多重检验校正，最后以log2(Fold Change) >= 0.58 或者log2(Fold Change) <= 0.58为阀值检测差异表达基因。

差异基因检测结果，如下：

样品间数据差异分析，如下图所示不同组别的数据会聚类在一起：

![expr.table.png-55.9kB][1]

基因表达量总表：Gene_expression_table.xlsx
差异表达基因检测表：DEGs.xlsx （DEGs_table sheet）
表达上调基因：DEGs.xlsx （DEGs_up sheet）
表达下调基因：DEGs.xlsx （DEGs_down sheet）