结合RNA-seq分析ChIP-seq数据

service

数据要求

1. 差异基因表达分析结果；
2. Myod1 ChIP-seq数据基础分析结果；（以Myod1 ChIPseq为例子, bam file, peak result）

如果是对应的ChIP数据，分析更为复杂。

检测Myod1调控的目标基因

本分析采用homer包中的子程序，以refseq为参考基因集对所有的Myod1结合位点进行注释。主要是提供邻近基因及功能元件的信息。

注释结果：

检测TSS附近的Myod1结合信号(可以选择多个histone)

以TSS为中心点，向上下游延长5000bps，并以20bps为bin，计算每一个bin的read density，最后把每一个位置上的bin信号加起来取平均值。分析结果如下：

meta gene plot

Myod1的结合信号跟表达量的关系

以差异表达基因的TSS为中心点，向上下游延长5000bps，并以20bps为bin，计算每一个bin的read density，最后把每一个位置上的bin信号加起来取平均值。分析结果如下：

metagene plot

Myod1 binding信号强弱与靶标基因表达量的关系：

scatter plot

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参考文献

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