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@zhoujj2013 2017-08-11T15:28:20.000000Z 字数 473 阅读 443

A005 基因组区段信号计算

service


基因组区段文件(bed format)

chromosome id start end interval id score strand other
chr1 10000 12000 inter_1 30 + annotation
chr2 10000 12000 inter_2 30 + annotation

区段信号计算

采用homer包中的表达量计算工具,计算每一个区段的信号强弱。通过不同区段集合的信号进行比较,从而得到两组区段的比较结果。

interval id expression level
inter_1 10
inter_2 30

参考文献

  1. Heinz S, Benner C, Spann N, Bertolino E et al. Simple Combinations of Lineage-Determining Transcription Factors Prime cis-Regulatory Elements Required for Macrophage and B Cell Identities. Mol Cell 2010 May 28;38(4):576-589. PMID: 20513432
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