多层次的文献阅读方法

写给菜鸟的东西

文献笔记的层次性

我身边同学做文献笔记的方法，据我观察主要有这样几种：

• 单纯使用ppt，看文献后在一页或几页内整理文章内容，方便理清思路，后续查找，汇报和引用（binbin，yechao）；
• 在pdf上做手写笔记（wuyu师姐使用ipad，yechao、寒使用surface，小星等打印手写）
• 在纸上做笔记，推导和文献内容摘要（小星，xuyunxuan）
• 使用文献管理软件，整理文献（lamini使用endnote）

这些方法都不同程度的完成了笔记：手写pdf可以直接圈点勾画重要信息，写下当时的思考；ppt和手写笔记可以以条目的形式总结一篇文献，使得文献在一篇这个层次上一目了然；文献管理软件则能以研究的问题和文章侧重点的角度，提供文献库的总体信息。
这启发我们，一个完整的文献笔记，应该是一个多层次的体系，从最底层的，文中重要的句子，图表和公式开始，到一整个文章的出发点、方法和结论，再到针对某个问题的一系列文章的相同点、不同点，最后上升到文献的使用：对一个问题的思考、解决和最终成文。
这样的层次结构背后的逻辑在于，如果最终成文代表一个要研究的问题，或者课题，我们称之为大问题的话，应被拆分为若干个小问题，也就是若干个文章系列，每个系列代表了一类实验现象，一类材料，一类方法等，可以是任何对解决最终问题有帮助的细分问题；而小问题则应由一系列具体的文章解决，每个文章针对一个具体的问题，给出具体的答案。大问题，依据其目的，也就是最终成文的题目被总结在cmd的文献阅读思考中，小问题则依据初次检索的关键词对应cmd的文献阅读整理，而每个具体问题则是cmd 文献阅读笔记中的所有文章。而这些文章又依据关键词存入zotero中的对应文件夹中，同时每个文章还可以有若干个标签，体现在不同小问题之间的具体问题、解决方法与答案直接的联系。标签实际上是与文件夹层级类似的第二层分类器。

对于这种为了解决一个最终问题的，具有三个层次、不同侧重点的文献笔记集合，称之为笔记树

为了构造合适的笔记树，我们需要恰当的使用几种合适的工具。

准备的工具

• 一个文献管理软件：推荐zotero，因其免费且全平台通用；也可使用endnote、mendeley、noteexpress等其他文献管理软件，但其他软件的同步模式与zotero不同。
• 一个同步软件：推荐坚果云，主要是墙内使用十分便利，且全平台通用；也可使用dropbox等其他软件。
• 一个markdown编辑软件：推荐cmd，方便发布汇报，方便引用各类网络资源，参考链接的使用也十分方便；也可使用leanote、有道云笔记等

当准备好上述工具时，要做如下两个处理：

• 在不同计算机上下载zotero；
• 在所有终端的zotero上配置同步方式为webDAV，并将服务器指定为坚果云的webDAV，输入账号和密码；

当发现一篇要读的文献时：

1. 把条目记录和全文添加到zotero中相应文件夹并填写标签，方便引用；
2. 在cmd的文献阅读笔记中，记录文章大致内容，包括：motivation，methods，results和discussion，记录题名为 作者-年份-文献标题（这一步只对值得的文章进行）
3. 在cmd的文献阅读整理中建立条目，记录文章大致内容，用几个要点and/or一两张图总结整个文章

这个框架是这样工作的：

• 当需要在文中引用时，只要插入zotero中的条目即可；
• 当需要查找读过的某个主题的文章，在zotero中查找相应的文件夹/标签，找到文章题目，再依据题目到cmd的文献阅读笔记中查找该文章阅读；
• 当需要总览、综述某个主题/关键字的文章时，在cmd中的文献阅读整理中查阅相应关键字的文章即可
  当具体需要读一篇文章时，尤其是第一次读的时候，就可以打开zotero的本地文件夹中的pdf，在surface上手写笔画，在cmd文献阅读笔记中记录，在cmd文献阅读整理中写下条目。
• 最后，汇报或整理思路时，在cmd的文献阅读思考中，写下对于一个问题的想法。

一点思考

阅读文献时从下到上，最底层是文章，中间层是关键词，最上层是对一类问题的支撑；汇报写作时从上到下，最上层是对一个问题的思考，中间层是对这一问题的拆分，最下层是对拆分问题的解决。需要查阅某类文献时，则可以使用文件夹（关键词）and/or标签在zotero中先查到具体文章题目，按照题目到文献阅读笔记或整理中找到该条目阅读即可。
笔记树的构建过程，实际上就是对整个研究领域现状的把握过程；而这种把握的最终目的体现在将文献阅读思考中的文章转化为可以投稿的文章。