王胖的生信笔记4:认识一些R里的阿哦呃衣

​ 不好意思前段时间考试加五一，一下鸽了几期。争取不考试的话尽量保持更新。

​ 如果认真的跟着之前的短小笔记试过，会发现R里面搞点东西出来其实并没有你想象的这么复杂。不过就算是使用Ctrl+C/Ctrl+V大法，有时候还是会需要根据自己的需求进行一些些调整。那这一次的笔记就从我的角度简单来说一下我认为R里面最基本的一些概念，也就是所谓的R的阿哦呃衣。

读取数据

​ 除非是凭空手输创造数据，或者使用R里或者R包自带的数据，我们使用R处理数据大部分还是需要从外部读取的。简单来说，就是要有材料才能处理，巧妇难为无米之炊。那把数据从R以外的环境读取到R里面，这就是读取数据的过程。这样讲应该很直白了。

​ 如果放开来说，这是一个有点大的话题。从csv,matrix,tsv这样的矩阵形式的文件，到叠加了多个sheet的excel家族的文件，再到hdf5格式，或者是简单的RData/rds，都有一些读取需要注意的技巧。

​ 这里就介绍下最基础的读取表格。其实多种多样的表格，用起来还是data.table这个包最好用。这个包是一个大佬开发的，如果手头有几千上万行*列的表格，用这个包可以读取可以发现比R自带的read.csv这种函数快了不止一星半点。

（这是他人的测试结果，可以看到data.table惊人的读写速度。当然比起data.tabe，还有一个更牛的vroom，是用来处理gb级别的数据的了，这个我没需求用，不过据说其支持的格式没有data.table宽泛，处理方式也相对没这么智能化。）

​ 当然如果在苹果电脑上，多线程（multi-thread）的功能比较难弄（我没找出解决方案），但是已经足够应对大部分情况了。

​ 大家可以试试这包里的fread()和fwrite()函数。

函数的基本概念

​ irisdata = read.csv(file = "C:/Users/Administrator/Desktop/iris.csv")

​ 不过可能有些同学data.table这个包还没安装，就简单的用自带的read.csv函数做个说明吧。

​ 函数这个概念大家小学（最晚初中吧）应该都学过，属于九年制义务教育范畴，这里不多展开了（我也怕我说错）。就拿R里面的概念来说，这样一条调用函数（简单理解就是选择工具）读取数据的语句分为这几部分。

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​ 对象不是和你聊微信签小手的那个对象，就是把函数运行后的结果输出储存的一个对象（比如你运行了125+125，为了让R记住，需要有个地方把这个250给记住，就要有个对象）

​ 函数就是对你设定的一些列参数进行运行的一个规则（比如你的参数是125，125，这个时候单纯相加这个规则就是函数）

​ 参数刚刚解释过了，就是你要告诉函数要对哪些东西进行运行

​ 参数可以有多个，比如你要使用read.csv读取含有中文的csv，需要加上这样一个参数fileEncoding = “UTF-8"有可能还需要安装配套的R包

​ irisdata= read.csv(file = “C:/Users/Administrator/Desktop/iris.csv”, fileEncoding = “UTF-8")

​ 这样讲不知各位有没有一点对阿哦呃衣的了解呢。