王胖的生信笔记第四十三期：把渐变火山图存成ppt

这里讲一个怎么把你的图存成ppt的方法， 顺带加一个花活儿，做个渐变火山图。

灵感来源

看到Y叔“我不会用illustrator，只会用ppt！”一文里，提到Y叔不怎么用Illustrator做图。确实在大部分情况下，各种需要Adobe Illustrator解决的问题都可以用office解决大半，关键在于怎么转换成office的格式。

这里就需要export包了。

准备数据

前面这部分前面有写过笔记，就不再多赘述。

library(stringr)
library(AnnoProbe)
library(tinyarray)
library(tidyverse)
library(ggplot2)
library(export)
library(ggthemes)
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
gse = "GSE4107"
geo = geo_download(gse)
geo$exp = log(geo$exp+1)
change_list = ifelse(str_detect(geo$pd$title,"control"),"control","treat")
change_list = factor(change_list,levels = c("control","treat"))
find_anno(geo$gpl)
ids <- AnnoProbe::idmap('GPL570')
dcp = get_deg_all(geo$exp,
                  change_list,
                  ids,
                  logFC_cutoff = 1,
                  scale_before = T,
                  cluster_cols = F)

这里为了做火山图，就不对基因做筛选了，直接使用所有包含的基因。

deg <- dcp[[1]]

给上下调最明显的基因设为label

deg$Group = "not-significant"
deg$Group[which( (deg$adj.P.Val < 0.05) & (deg$logFC > .5) )] = "up-regulated"
deg$Group[which( (deg$adj.P.Val < 0.05) & (deg$logFC < -.5) )] = "down-regulated"
summary(as.factor(deg$Group))
deg$Label = ""
deg<- deg[order(deg$adj.P.Val), ]
up.genes <- head(deg$symbol[which(deg$Group == "up-regulated")], 10)
down.genes <- head(deg$symbol[which(deg$Group == "down-regulated")], 10)
deg.top10.genes <- c(as.character(up.genes), as.character(down.genes))
deg$Label[match(deg.top10.genes, deg$symbol)] <- deg.top10.genes

做一个渐变火山图

这部分代码来源于《生信师兄》，做了部分的修改。

p <- ggplot(deg,aes(logFC, -log10(adj.P.Val)))+
  geom_hline(yintercept = -log10(0.05), linetype = "dashed", color = "#999999")+ #这里是为了说明p=0.05的界限在哪儿
  geom_point(aes(size=-log10(adj.P.Val), color= -log10(adj.P.Val)))+
  scale_color_viridis_c(option = "plasma")+
  scale_size_continuous(range = c(.1,4))+
  theme_bw()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        legend.position = c(0.9,0.3),
        legend.justification = c(0,1)
  )+
  guides(col = guide_colourbar(title = "-Log10_q-value"),
         size = "none")+
  geom_text(aes(label=Label, color = -log10(adj.P.Val)), size = 3, vjust = 1.5, hjust=1)+
  xlab(expression(log[2]~FC))+
  ylab(expression(-log[10]~(p~value~adjusted)))

最后做的效果如下：

保存成ppt

这个真的很简单，用export这个包只要这样：

graph2ppt(p, file="volcano.pptx")

其他各种office格式都可以，表格也可以输出成各种方便的形式。