王胖的生信笔记第42期-花瓣图

花瓣图是啥

这应该不是一个官方的名称，是看到一个叫做ccgraph的包里讲到的。cc这个词来源于《一个馒头引发的血案》里的圆环套圆环，可以用在很多地方。

A Prospective Study of Circulating Tumor DNA to Guide Matched Targeted Therapy in Lung Cancers

这篇文章里讲到的用处是内层标明测序在若干基因发现的 SNP/Indel/CNV 等各类突变，外层来展示各类基因。同时点的大小可以表示某参数的大小。

拿新冠数据练练手

ccgraph官方教程是自己生成一个模拟的宏基因组数据，还有一个是2014年的世界经济数据，我们来点真实的。

新冠数据的来源可以使用之前笔记写过的nCov2019这个包。

library(tidyverse)
library(ggraph)
library(ccgraph)
library(nCov2019)
library(treemap)
library(export)
res <- query()
dat <- res$latest$detail

先来看看大概数据情况

treemap(dat,index=c("continent","country"),vSize = "cases")

数据转换

这个包比较好的一个方面，就是把网络图node，edge的设置简单化了。

country_index <- c("continent","country")
nodes_country <- gather_graph_node(dat,index = country_index, value = "cases",root="world")
edges_country <- gather_graph_edge(dat,index = country_index,root="world")
library(tidygraph)

然后再结合node和edge转为ggraph能做图的格式。

graph_country <- tbl_graph(nodes_country,edges_country)
gc <- ggraph(graph_country,layout = 'dendrogram', circular = TRUE) + 
 geom_edge_diagonal(aes(color=node1.node.branch),alpha=1/3) +   geom_node_point(aes(size=node.size,color=node.branch),alpha=1/3) +  coord_fixed() + theme(legend.position = "none")

不过这个时候，是没有内外层环的文字的。按照教程添加一下文字，修改一下视觉效果。

gc1 <- gc + scale_size(range = c(0.5, 40)) +
  geom_node_text(
    aes(
      x = 1.0175 * x, #这边前面系数是外层文字环的横径
      y = 1.0175 * y,#这边前面系数是外层文字环的竖径
      label = node.short_name,
      angle = -((-node_angle(x, y) + 90) %% 180) + 90,
      filter = leaf,
      color = node.branch
    ),
    size = 3,
    hjust = 'outward'
  ) +
  geom_node_text(
    aes(
      label = node.short_name,
      filter = !leaf,
      color = node.branch
    ),
    fontface = "bold",
    size = 6,
    family = "sans"
  ) + 
  theme_void() + 
  theme(legend.position = "none") + 
  coord_cartesian(xlim =c(-1.5, 1.5), ylim = c(-2, 2))

最后展示下效果

还能直接输出成ppt哦，改起来更方便（这个下次再水一个笔记）。