用R做gif，展示新冠相关数据-王胖的生信笔记第45期

又鸽了好久的笔记，疫情确实给大家的正常节奏有很大的影响。正好看到前段时间一个关于gganimate的推送就想着用一个新冠相关的数据试试看能不能做成动图。之前28，29期就是新冠的，不过那时候给的是一个静态的展示（一晃都是半年前的事情了）

准备环境

library(dplyr)
library(ggplot2)
library(shadowtext)
library(nCov2019)
library(tibble)
library(gapminder)
library(gganimate)
library(ggsci)

主要就是gganimate这个包，这个包其实功能很多，我只能说学习了个皮毛。ggsci这个是用来配色的。

col <- c(ggsci::pal_jco(alpha = 0.8)(10),ggsci::pal_npg(alpha = 0.8)(10),
         ggsci::pal_d3(alpha = 0.8)(10),ggsci::pal_lancet(alpha = 0.8)(9),
         ggsci::pal_aaas(alpha = 0.8)(10),ggsci::pal_jama(alpha = 0.8)(7))

整理数据

主要就是tidyverse的运用，加上需要对tibble有一定的了解（虽然我还不是很精通啦）。

res <- query()
y <- res$historical
d <- y["global"]
dd <-
  d %>% as_tibble %>% filter(cases > 1000000) %>% group_by(country) %>% 
  mutate(days_since_1m = as.numeric(date - min(date))) %>% ungroup
dd$new = dd$cases - c(0, dd$cases[1:nrow(dd) - 1])
dd2 <- dd %>%
  group_by(days_since_1m) %>% arrange(days_since_1m, desc(new)) %>% 
  filter(days_since_1m > 0 & days_since_1m < 367) %>% 
  mutate(number = row_number()) %>%filter(number <= 20)  

这里再次强调，这里的数据里的country应该理解为国家和地区，并不单指国家（因为包括波多黎各这种）。

做图

这个其实等于ggplot2做一串，然后连在一起。具体的建议去看官方手册。只能说理解的时候还是看官方手册好（拿自己的数据就知道，如果按照推送里那个代码来，最多只出现50帧的gif，怎么修改还是看手册好）

ani <- ggplot(dd2, aes(x = number, y = new, colour =  country)) +
  geom_col(aes(number, new, fill = country)) +
  geom_text(aes(number, new, label = new), hjust = -0.1) +
  geom_text(aes(number, y = 0 , label = country), hjust = 1.1) +
  scale_colour_manual(values = col) +   ##设置颜色
  scale_fill_manual(values = col) +     ##设置颜色
  coord_flip(clip = "off", expand = FALSE) + scale_x_reverse() +
  ylab('Daily New Cases') + ggtitle('COVID-19 Rank Since 1M',subtitle = 'Day {current_frame}') +
  theme_minimal() +
  theme(
    panel.grid = element_blank(),
    axis.ticks.y = element_blank(),
    axis.title.y = element_blank(),
    axis.text.y = element_blank(),
    axis.text = element_text(size = 12, colour = 'black'),
    axis.title = element_text(size = 14, colour = 'black'),
    plot.title = element_text(size = 20, hjust = 0.5),
    plot.subtitle = element_text(size = 15, hjust = 0.5),
    legend.position = 'none',
    plot.margin = margin(1, 4, 1, 3, "cm")
  ) +
  transition_manual(frames = days_since_1m) +
  enter_fade() +
  exit_fade()
animate(ani,fps=20,width=700,height=450,nframes = length(unique(dd2$days_since_1m)))
anim_save("covid_19.gif")

最后这样保存出来就有点点炫了。

这个图展示的是每个国家达到百万确诊后的日增，上面的Day几就是达到百万确诊后第几天。

Fin