王胖的生信笔记第22期：升级R及相关

上一期介绍了网友自己写的包，里面大多数可以，但是有一步Bubbleplot一直有bug。后面咨询了包的作者，最好的解决方式就是把R升级。

关于升级R

古早之前，Mac上有一个很好用的升级方式。

install.packages("installr")
library(installr)
updateR()

这个Windows上也行，而且似乎很简单，至少没有啥很直接的问题。但是呢，就是怕这个但是，现在Mac上用这个不行了，搞不了这个简单方式了。只能老老实实上Cran下载最新的R版本（写此文时是4.1），然后按照科研猫上的教程进行安装（当然你自己想怎么装都行，但是这是减少非高手的你后续问题的有效方法之一）。如果你是非高手，就请老老实实看科研猫的视频有样学样（Mac和Windows都有）。

升级R之后包咋办？

如果不是updateR升级的， 会发觉包要重新来一遍，是不是有点崩溃。这时候还是有点稍微简单一点的方法的。

先备份一个你之前用的包列表

getwd()
setwd("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/")
olddir <- dir("./4.0/Resources/library/")

然后看下现有的包列表

newdir <- dir("./4.1/Resources/library/")

然后看看新旧差异

diff <- setdiff(olddir, newdir)

然后就是在安装包的时候可以选择多cpu齐开工，即选择Ncpu=8（我电脑只有8核）

for(i in diff) install.packages(i,Ncpus = 8)

再装不了的可以再比一次，用Biocmannager安装

for(i in diff) BiocManager::install(i)

再按装不了的，就可能是devtools::install_github安装了，后续的更新这个可以使用Y叔的rvcheck包帮助。

rvcheck::update_all(which="github",force=T)

关于断点续传

由于一些神奇的网络原因，安装有时候比较慢。这时候可以求助神奇的Y叔，使用他开发的wget包，在安装时加入参数methods=“wget”,extra="-c"

不过具体的使用安装请关注打赏Y叔的相关文章，因为这是人家的资源啦。或者你们自己能找到方法找到的也可以。