用R做网络图：王胖的生信笔记第36期

其实最常见的网络图做法，是用cytoscape。这里大家可以自己找可靠的教程，b站上也有，直接搜就可以。我觉得讲的蛮清楚的，使用也相对傻瓜。

但有时候我们做的数据就是在R里面的，不想搞这么一套来回的折腾，直接在R里面做行不行呢？

答案当然是可以的。而且还能够直接生成网页自己玩儿。

【动图不多放了，大家知道这是动态的就好】

使用Visnetwork

https://datastorm-open.github.io/visNetwork/

这是个巴黎理工大学一个团队做的，https://www.datastorm.fr/，我觉得还是R里一个很酷的工具。

其实和cytoscape一样，你需要node（节点）和edge（连接节点的线）。

library(visNetwork)
nodes <- data.frame(id = 1:3)
edges <- data.frame(from = c(1,2), to = c(1,3))
visNetwork(nodes, edges, width = "100%")

这就是刚刚一个最简单的例子。

其实这个工具很强大。我这里就不露怯了，大家可以自行探索。

结合自己的数据-比如转录调控网络

比如大家拿一堆基因算出来的调控因子和motif，是有怎样的网络关系呢？

这里就有个例子：https://bioconductor.riken.jp/packages/3.9/bioc/vignettes/RcisTarget/inst/doc/RcisTarget.html#building_a_network

拿的是一些缺氧相关的基因最后算出来的motif和相关转录因子。（具体怎么算，可以之后写一期）

前面算得有问题可以私信发我邮箱，我发你们练习数据。

当你手上有这样motif和转录因子的对应关系，然后就可以一样做图了。

library(visNetwork)
motifs <- unique(as.character(edges[,1]))
genes <- unique(as.character(edges[,2]))
nodes <- data.frame(id=c(motifs, genes),   
                    label=c(motifs, genes),    
                    title=c(motifs, genes), 
                    shape=c(rep("diamond", length(motifs)), rep("elypse", length(genes))),
                    color=c(rep("purple", length(motifs)), rep("skyblue", length(genes))))

这里的id是不能相同的，label是标签，title就是展示在图上的。后面可以按照自己需求制定形状还有颜色。其实还能加上别的。

nodesnew <- data.frame(id=c(motifsnew, genesnew),   
                    label=c(motifsnew, genesnew),    
                    title=c(motifsnew, genesnew), # tooltip
                    font.size=c(rep(60,8), rep(15, 365)),
                    group=c(rep("TF", 8), rep("gene", 365)),
                    shape=c(rep("diamond", length(motifsnew)), rep("elypse", length(genesnew))),
                    color=c(rep("purple", length(motifsnew)), rep("skyblue", length(genesnew))))
visNetwork(nodesnew, edgesnew,height = "1000px", width = "100px") %>% 
  visOptions(highlightNearest = TRUE,nodesIdSelection = TRUE,manipulation = T) %>%
  visGroups(groupname = "gene", color = "skyblue") %>%
  visGroups(groupname = "TF", color = "purple",font.size=50,size = 50)

最后就能输出网页了。

其实单细胞测序的分析，拿SCENIC做出来的东西，也一样能做成网络图。有兴趣的也可以讲。比如《Toward Minimal Residual Disease-Directed Therapy in Melanoma》这篇文章的Figur 6D的部分，就可以一样做。有需要的在写一期。